Daniel Prokop je člen organizace PAQ Research, člen NERV, člen expertní skupiny pro tvorbu Strategie vzdělávání 2030. Působí na Fakultě sociálních věd UK a zaměřuje se na kvantitativní výzkum v oblastech vzdělávání, sociálních nerovností a chudoby, sociální politiky a sociální stratifikace.V roce 2020 vydal knihu Slepé skvrny: o chudobě, vzdělávání, populismu a dalších výzvách české společnosti.
Za seriál analytických článků o české společnosti "Úvod do praktické sociologie" získal v roce 2016 Novinářskou cenu.
Deset let působil ve výzkumné agentuře Median, z toho tři roky v jejím vedení.